脚本更新--（Xenium、CosMx、HD）邻域特异性基因表达

作者，Evil Genius今天我们需要更新脚本，大家应该知道推文经常更新脚本，有没有知道为什么？最核心的原因在于做项目的时候和客户沟通，挖空心思分析数据，然后结合阅读大量的文献，最后整理出来思路，用代码实现，以后一旦遇到相同的售后分析，就会重复使用这套代码。反正过程是挺累的，从目前的状态来看，出售科研产品，比如销售单细胞产品和测序，一拍两净状态最好，分析个性化有点太高了。将来不做分析，做产品和市场，还希望大家多多支持。在分析空间转录组的时候，如果对一种细胞类型进行亚群区分，空间的方法就是依据邻域，这个多次讲过了，可以依据细胞邻域，也可以依据分子邻域。首先我们需要考虑的第一步就是：这个邻域的距离设置为多少合适。这里给大家一个参考：250 µm 是细胞通过旁分泌信号分子与目标体素进行通信的保守最大合理距离。分析过程中，尤其在实际项目中，50,80,100um的范围均有采用，具体多少合适，需要摸索一下，较小的半径捕获的周围细胞过少，无法充分反映近端的细胞环境；而较大的半径则会使异质性区域被过度平均化，从而降低所得到的邻域的特异性。第二个就是聚类方法，通常邻域矩阵的维度远小于单细胞数据（邻域大约25-100个细胞），不能直接就按照单细胞的方法分析，王凌华采用的是NMF + leiden，当然我们也可以采用PCA + leiden，只是这个聚类维度的数量，也需要探索一下。那么第三步：基因的差异表达。这个地方有两个方面：一是邻域的基因差异，二是自身的表达差异，两者都需要分析一下，其中关注的差异基因集中在配受体、TF和通路。邻域的配体代表环